1811.a. alustati hariduse andmist Mehikoorma piirkonnas.
1943-1944. a. kool ei tegutsenud.
1944.a. 1. novembril alustasid uuesti tegevust eesti ja vene õppekeelega 6-klassilised koolid erinevates kohtades väljaspool Mehikoorma küla.
1945.a. ühendati kaks kooli Mehikoorma 7-klassiliseks kooliks ja koliti Mehikoorma külla kahte majja.
1965.a. ehitati Mehikoormasse uus koolimaja ja Mehikoorma Põhikool asub käesoleva ajani selles majas.
1988.a. nimetati kool ümber 9- klassiliseks.
1991.a. nimetati Mehikoorma 9-klassiline Kool ümber Mehikoorma Põhikooliks.
1998.a. vene algklassid viidi üle Räpinasse ja alates sellest ajast toimub õppetöö Mehikoorma Põhikoolis ainult eesti keeles.
2024.a. 1. septembrist toimub õppetöö Mehikoorma Põhikoolis ainult I – II kooliastmes.